Ketua Jurusan : Mohammad Fateh, M.Ag.
Jurusan Hukum Ekonomi Syari’ah IAIN Pekalongan didirkan untuk mencetak para ahli hukum ekonomi syari’ah (muamalah) yang memiliki kemampuan tinggi dalam pemikiran teoretis dan penerapannya, yang dibimbing oleh para dosen profesional lulusan dalam dan luar negeri yang berpendidikan Magister (S.2) dan Doktor (S.3), dan dibekali dengan praktik di Pengadilan dan Lembaga Ekonomi Syariah.